Melalui pindaan Undang-Undang Dasar Republik Indonesia 1945 yang memungkinkan presiden dipilih secara langsung oleh rakyat, beliau telah dipilih menjadi Presiden Republik Indonesia pertama pilihan rakyat serta presiden Indonesia keenam selepas dilantik pada 20 Oktober 2004 bersama Naib Presiden Jusuf Kalla. Kerjaya tenteranya terhenti ketika beliau diangkat Presiden Abdurrahman Wahid sebagai Menteri Pelombongan dan Tenaga pada tahun 1999 dan termuncul sebagai salah seorang pengasas Parti Demokrat. Pangkat terakhir sebelum persaraannya pada 25 September 2000 ialah Jeneral Tentera Nasional Indonesia
